Uganda isännöi vanhin yliopisto Itä-ja Keski-Afrikassa, joka on Makereren yliopisto. Tämä yliopisto on ollut keskus akateemista huippuosaamista vuosikymmeniä paitsi ugandalaisista opiskelijoita, mutta myös muiden opiskelijoiden alueella. Uganda on yli 30 julkisten yliopistojen.